من المهم في المراحل الأولى من البحث العلمي أن يقوم الباحث باختيار البرنامج أو الأداة التي سيستخدمها لإدارة المراجع (Reference Management)، ذلك أن برامج إدارة المراجع تساهم في ترتيب و حفظ المراجع بشكل صحيح، توفر الوفت و الجهد في كتابتها يدويا، توفر إمكانية إختيار الستايل الخاص بالمراجع، و أيضا